Summary

Gut microbes can play an important role in digestion, disease resistance, and the general health of animals, but little is known about the biology of gut symbionts in Apis mellifera. As part of the BEEBOOK series describing honey bee research methods, we provide standard protocols for studying gut symbionts. We describe non-culture-based approaches based on Next Generation Sequencing (NGS), methodology that has greatly improved our ability to identify the microbial communities associated with honey bees.  We also describe Florescent In Situ Hybridization (FISH) microscopy, which allows a visual examination of the microenvironments where particular microbes occur. Culturing methods are also described, as they allow the researcher to isolate particular bacteria of interest for further study or gene identification, and enable the assignment of particular functions to particular gut community members.  We hope these methods will help others advance the state of knowledge regarding bee gut symbionts and the role they play in honey bee health.

Métodos estandar para investigar simbiontes intestinales de Apis mellifera

Resumen

Los microbios intestinales pueden jugar un papel importante en la digestión, la resistencia a las enfermedades, y la salud general de los animales, pero se conoce poco sobre la biología de los simbiontes intestinales en Apis mellifera. Como parte de la serie BEEBOOK que describe los métodos de investigación en la abeja, ofrecemos protocolos estándar para el estudio de simbiontes intestinales. Se describen métodos no basados en cultivos sino sobre la base de la secuenciación de nueva generación (NGS según sus siglas en inglés), metodología que ha mejorado en gran medida nuestra capacidad para identificar las comunidades microbianas asociadas con la abeja de la miel. También describimos la microscopía de hibridación in situ fluorescente (FISH), la cual permite un examen visual de los microambientes donde viven microbios particulares. También se describen métodos de cultivo, que permiten al investigador aislar bacterias de interés particular para posteriores estudios o para la identificación de genes, y permitir asignar funciones particulares a determinados miembros de la comunidad intestinal. Esperamos que estos métodos ayudarán a otros a avanzar en el estado del conocimiento sobre simbiontes intestinales de abejas y el papel que desempeñan en la salud de las abejas de la miel.


Summary Mandarin

 

Running title: The COLOSS BEEBOOK: gut symbionts

Key words:  COLOSS BEEBOOK, florescent in situ hybridization, gut symbionts, methods, microbial culture, next generation sequencing

Footnote: Please cite this paper as: ENGEL, P; JAMES, R; KOGA, R; KWONG, W K; MCFREDERICK, Q; MORAN, N A (2013) Standard methods for research on Apis mellifera  gut symbionts. In V Dietemann; J D Ellis; P Neumann (Eds) The COLOSS BEEBOOK, Volume I: standard methods for Apis mellifera research. Journal of Apicultural Research 52(1): http://dx.doi.org/10.3896/IBRA.1.52.1.07